Ten je zajímavý tím, že se záhy stal kaplanem královny Elišky a písařem arcibiskupa. Dalším důležitým farářem byl Křišťán z Prachatic, jenž se stal univerzitním učitelem a později rektorem Karlovy univerzity. V 15. a 16. století se zde změnilo náboženství na kališnické, a tudíž faráři přijímali podobojí. Koncem 16. století se více než náboženství kališnické rozmohlo náboženství luteránské.
30. května 1567 zachvátil skoro celé město oheň. Kostel byl také poničen a opravy začaly téměř ihned. Brzy však došly peníze, což dokazuje to, že výška kněžiště nebyla uzpůsobena výšce věže, čímž byl vzhled kostela velmi narušen a byl napraven až roku 1857. Přes velikou oblíbenost luteránství zde existovala skupina katolíků v čele se Štěpánem Beníkem z Petrsdorfu. Ta si vymohla povolení postavit v Jílovém katolický kostelík s klášterem. Tento kostelík byl založen až v roce 1623, kdy už nemělo smysl ho stavět, protože většina obyvatelstva se opět obrátila ke katolictví. Byl zasvěcen Panně Marii Loretánské a obsazen řádem minoritů. V 18. století byl již ukončen proces rekatolizace a údajně všichni se hlásili ke katolictví. V průběhu 17. a 18. století byl kostel několikrát opravován a barokizován. K jižnímu boku byla přistavěna kaple sv. Anny, v roce 1791 byla opravena věž, jenž byla zakončena zlatou bání. V roce 1901 byla rozvedena elektrika a o pár let později bylo nutné opravit zdivo kostela, pročež byl kostel opraven zvenku i zevnitř. Od roku 1990 až do roku 1999 probíhaly v kostele další důkladné opravy. Byla staticky zabezpečena věž, která svou vahou drtila zdivo ve své spodní části. Celkové náklady na opravu dosáhly téměř dva a půl milionu korun.
Zajímavostí kostela je, že věž stojí mezi kněžištěm a lodí. Díky této architektonické zajímavosti a krásnému gotickému oltáři zde v roce 1983 natáčel režisér Miloš Forman několik scén pro film Amadeus. V kostele je pět barokních oltářů včetně toho, který sem byl přenesen z později zrušeného loretánského kostelíka, a jeden moderní, který byl posvěcen 6. listopadu 1999. Nejzajímavějším kusem z vybavení kostela je gotický deskový oltář z roku 1485, který zakoupil již zmíněný Štěpán Beník z Petrsdorfu a byl přivezen z kostela sv. Václava v Praze na Zderaze. Jeden z obrazů na něm namaloval významný český umělec Petr Brandl. Za zmínku také stojí cínová křtitelnice z 16. století, barokní polychromovaná pieta z 18. století a zvony: klekáníček, umíráček, polední, prostřední a velký. Velký váží 1394 liber (asi 700 kg) a jmenuje se Vojtěch.